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1、操作泵之前，用至少兩個體積（標準脫氣機30mL，對微脫氣機10mL）沖洗真空脫氣機，特別是當泵關閉了一段時間后(例如：過夜)，以及在通道中使用揮發性混合溶劑時，防止溶劑瓶內的玻璃濾頭(過濾器)堵塞及長菌，當濾頭表面有黑色或黃色污染層說明發生了堵塞，應立即清洗或更換。
2、將裝有溶劑瓶的溶劑箱放在泵上面或較高處。當在四元泵上使用鹽溶液或有機溶劑時，建議將鹽溶液接在下面的梯度閥口上，將有機溶劑接在上面的梯度閥口上，有機溶劑通道建議在水或鹽溶液通道的正上面。建議用水定期沖洗所有MCGV通道除去可能在閥口析出的鹽結晶。
3、定期檢查排液閥的過濾白頭。檢查方法：擰開排液閥，以水作流動相。
對于標準脫氣機(G1322A)，流速5ml/min水，若壓力大于10bar，則建議更換。
對于微量脫氣機(G1379A)，流速2ml/min水，若壓力大于5bar，則建議更換。
4、當使用低流速時，檢查所有1/16英寸接頭有無滲漏（用壓力測試或漏液測試。每當更換泵密封墊時排液閥慮芯也應更換。
5、更換活塞密封墊時檢查活塞桿上是否有劃痕。有劃痕的活塞將導致輕度滲漏，并降低密封墊的使用壽命。應盡早更換有劃痕的活塞。
6、使用緩沖溶液時，關泵前先用水沖洗系統。當需要長時間使 用0.1摩爾或更高濃度的緩沖液時，建議選用密封墊清洗附件，以減少對密封墊及活塞桿的磨損。
7、如果使用了高濃度的緩沖鹽，可以考慮用熱水（50-60℃）來沖洗鹽通道來確保沒有緩沖鹽殘留在系統中。
8、更換活塞密封墊后應按照密封墊安裝步驟對其進行磨合，但磨合不適用于正相密封墊。
9、當泵頭安裝有柱塞清洗附件時，由于該附件中也有密封墊，這樣就會增加活塞桿運動時的阻力。所以開泵前一定要用10％異丙醇，并將其流速調至約2－3滴/分鐘使溶液流過沖洗裝置。(對于二元泵SL，如果不使用鹽溶液可以不開)10％異丙醇有助于降低水的表面張力，并有抑菌作用。不要用其它溶劑代替。
10、當泵頭安裝有沖洗附件而不開啟10％異丙醇，會使密封墊及活塞桿的壽命減短(二元泵SL除外)，泵頭如果發出“吱吱”聲不影響使用和泵的精度如果有必要，可以改變壓縮因子（compressibility）來達到更好的效果。
